Музейная деятельность. ГЦСИ целенаправленно занимается формированием коллекции произведений современного искусства. Коллекция ГЦСИ начала складываться с момента образования Центра в 1992 году. Сегодня она насчитывает более тысячи произведений: графика, живопись, скульптура, фотография, а также созданные с использованием новейших технологий видео-инсталляции, произведения видео-арта. Коллекция представляет современное российское искусство, получившее признание отечественных и зарубежных критиков и кураторов, потенциал которого был заложен художниками-нонконфор- мистами 1960-70-х годов и молодыми экспериментаторами рубежа 80-х и 90-х, а также включает в себя произведения современных зарубежных художников.
В настоящее время Центр не располагает необходимым пространством для размещения постоянной экспозиции; коллекция Центра экспонируется на ежегодных выставках, посвященных новым приобретениям, и на временных выставках как в России, так и за рубежом. Сотрудники Центра проводят экспертизу и реставрацию произведений современного искусства.
Научно-информационная деятельность. ГЦСИ занимается созданием электронной базы данных по современному искусству, а также формированием фондов медиатеки. Медиатека включает в себя библиотечное собрание, ядро которого составляют разнообразные каталоги, буклеты, редкие и малодоступные материалы по современному искусству на различных носителях, в том числе словари, справочная и учебная литература, специальные журналы, а также труды по истории и теории современного российского и зарубежного искусства.
В видеоархиве собираются материалы обо всех наиболее значительных мероприятиях (выставках, перформансах, лекциях, мастер-классах, круглых столах, конференциях и дискуссиях), проходящих в стенах ГЦСИ и в музеях и галереях Москвы.