Ведутся большие споры о том, как добиться того, чтобы надлежащим образом удовлетворялись несхожие потребности каждого из трех элементов анализа риска. В таких странах, как Соединенное Королевство, всеми тремя элементами занимается полунезависимый национальный орган, который имеет согласованные ограниченные полномочия в вопросах управления и должен отчитываться перед парламентом и делает министра здравоохранения в конечном счете ответственным за принятие руководящих решений. Другие ведомства, такие, как новое Европейское управление безопасности пищевых продуктов, считают, что оценка риска должна проводиться независимо, а анализ должен становиться достоянием общественности. Меры же по минимизации и устранению риска в таком случае представляют собой отдельную функцию, поскольку, хотя здоровье и может считаться делом первостепенной важности, на практике может возникнуть необходимость принимать во внимание другие вопросы - экономические, политические и социальные. Так, официально ответственность за принятие решений о том, как решать вопросы охраны окружающей среды, безопасности пищевых продуктов и общественного здравоохранения, несет ЕК вместе с Советом Министров и Европейским парламентом, а научная группа отвечает за предоставление максимально точной научной оценки проблем, которые необходимо решать, и сопутствующих неопределенностей.

Теоретически отделение оценки риска от мер по минимизации и устранению риска и от распространения информации о риске оправдано и разумно, так как оценка первоначально должна делаться без оглядки на политические, социальные и финансовые вопросы, связанные с руководящими решениями. Однако оценка риска должна проводиться во взаимодействии с двумя другими элементами анализа риска, а такая оценка, которая просто исходит из того, что все вопросы практического осуществления и руководства уже решены идеально, неправильна. На практике было неоднократно показано, что осуществление практических мер не идеально. Подлинная оценка риска требует прозрачной проверки хода практического осуществления.