Система, производящая знания, заметно сократившаяся в последнее десятилетие, по-прежнему остается на достаточно высоком уровне по численности научно-исследовательского сектора. Так, в 2006 г. на 1000 чел. экономически активного населения России приходилось 12,4 чел., а на 1000 работников в экономике — 13,6 чел., занятых исследованиями и разработками.
С одной стороны, структура государственной науки продолжает соответствовать мировым стандартам. С другой стороны, у российской экономики достаточно низкий инновационный потенциал. Ее коэффициент изобретательской активности примерно в 3—4 раза ниже, чем в Германии и США, и в 18—19 раз ниже в сравнении с Японией.
Изобретательская активность национальной экономики падает по мере приближения к концу научно-технологической цепи. В структуре затрат опытно-конструкторские работы занимают 67%, больше, чем во многих развитых странах.
В связи с этим основной целью реформирования системы государственных научных центров является создание правовых и организационных условий и их функций по реализации государственной научно-технической и инновационной политики, усилению взаимодействия фундаментальной и прикладной науки с реальными секторами экономики и по интенсификации в них инновационных процессов. Реформа системы государственных научных центров затрагивает организацию их научно-технической и инновационной деятельности, а также изменение организационно-правовых форм и форм собственности.
На масштабы проведения исследований и разработок существенное влияние оказывает применение методов косвенного стимулирования инвестирования в научно-исследовательскую деятельность. Эти методы, получившие широкое распространение, сводятся к следующим: налоговые послабления; займы по сниженным кредитным ставкам; финансовая поддержка процессов лицензирования государственных научно-исследовательских организаций и высших учебных заведений.