Обычный подход к анализу риска предполагает наличие чисто научной основы для оценки. Однако для самых актуальных проблем безопасности пищевых продуктов характерно отсутствие полной научной основы, но присутствие заинтересованных сторон с самыми разными интересами и заботами - коммерческими, политическими, экономическими, юридическими и религиозными. Это видно на примере дебатов вокруг ГМО, в которые группа ЕС, участвующая в работе Консультативного форума ЕС-США по биотехнологии, в дополнение к обычному кругу научных дисциплин включила обсуждение важных политических интересов и интересов потребителей. Более широкие аспекты также должны быть включены в дебаты по многим другим проблемам безопасности пищевых продуктов, начиная от использования гормональных стимуляторов роста, пестицидов и облучения пищевых продуктов и кончая пищевыми добавками, маркировкой и утверждениями о здоровых свойствах на этикетках пищевых продуктов. Научные знания об опасных факторах и их угрозе - включая их величину, масштабы и скорость изменений - могут быть неполными, и это может отражать существовавшие ранее приоритеты в распределении средств на научные исследования.

Кроме этого, даже когда база научных знаний оказывается достаточной, рекомендации, которые вытекают из научной оценки, могут иметь ограниченную ценность: может быть некорректным техническое задание на проведение оценки, или специалисты, проводившие оценку, могли находиться под влиянием таких интересов, как соперничество за получение ресурсов, коммерческая зависимость, приверженность той или иной теории, межличностные конфликты или прочно укоренившиеся личные убеждения.